MIN 3 Kota Banjarmasin beralamat di kelurahan Pamurus Dalam Kecamatan Banjarmasin Selatan. Madrasah ini didirikan pada tanggal 12 Januari 1930 oleh tokoh agama setempat yang bernama K.H. Ahamd bin Abdul Hamid berdiri di atas sebidang tanah wakaf yang dihibahkan oleh yayasan Irtiqayah dan menjadi milik Departemen Agama Kota Banjarmasin yang bersertifikat dengan ukuran luas tanah 1323 m2. Pada awalnya madrasah ini berstatus swasta dengan nama MI Irtiqaiyah. Pada tanggal 12 maret 1995 status MI Irtiqayah berubah menjadi negeri dengan nama MIN 3 Pemurus Dalam Banjarmasin yang diresmikan langsung oleh Walikota Banjarmasin atas dasar keputusan Menteri Agama No. 155 A Tanggal 20 November 1995. Pada bulan Juli 2017 MIN 3 Kota Banjarmasin berubah nama menjadi MIN 3 Kota Banjarmasin, atas dasar keputusan dari Kementrian Agama.
Adapun yang pernah menjabat sebagai kepala sekolah MIN 3 Kota Banjarmasin, yaitu:
- H. M. Yusuf Husin menjabat mulai dari madrasah berdiri sampai tahun 1997.
- H. Yarkani Agub menjabat sebagai kepala madrasah sejak dinegerikannya MIN Pemurus Dalam, yaitu pada tahun 1997-2006.
- H. Abd. Basith, S.Ag menjabat sebagai kepala madrasah sejak tahun 2006-2011.
- Dra. Hj Juhairiah menjabat sebagai kepala madrasah sejak tahun 2012-2021.
- Ermawati, S.Ag menjabat sebagai Plt. Kepala Madrasah sejak Januari-Mei tahun 2022
- H. Abdul Basith, S.Ag tahun 2022 sampai sekarang
Keadaan Guru
Guru yang ada MIN 3 Kota Banjarmasin sekarang berjumlah 26 orang yang terdiri dari 3 yang memiliki pendidikan S-2 dan 23 orang memiliki pendidikan S-1
MIN 3 Kota Banjarmasin adalah lembaga pendidikan Islam yang berada dibawah naungan Kementrian Agama kota Banjarmasin. MIN 3 Kota Banjarmasin yang terletak di Jalan Bhakti Rt 32. No 27 Pemurus Dalam Kecamatan Banjarmasin Selatan Kota Banjarmasin. Sekolah MIN 3 Kota Banjarmasin ini dinilai strategis karena lokasinya yang terletak di pinggir jalan antara tiga persimpangan. Jarak Madrasah ini dari pusat kota sekitar 7 Km, dan merupakan daerah pinggiran perkotaan ( perbatasan antara Kota Banjarmasin dan Kabupaten Banjar ).
Ketersediaan sarana dan prasarana merupakan salah satu komponen penting yang harus terpenuhi dalam menunjang pencapaian tujuan pendidikan. Sarana pembelajaran yang terdapat MIN 3 Kota Banjarmasin cukup memadai. Di antaranya, Madrasah menyediakan LCD dan layar proyektor sebagai media.